Size-exclusion chromatography (SEC) wird im Deutschen als Größenausschluss-Chromatographie oder Gel-Permeations-Chromatographie (GPC) bezeichnet. Diese weit verbreitete Methode trennt Biomoleküle entsprechend ihrer Größe auf. Sie wird hauptsächlich für die Trennung von Biopolymeren, wie Protein und Nukleinsäuren, also wasserlösliche Polymere, eingesetzt. Dieses, auch als Gelfiltration bezeichnete System, ist typischerweise aus Kugeln auf Dextran- oder Agarose-Basis als Gelmatrix, aufgebaut. Kleinere Moleküle brauchen deutlich länger, um durch die Säule zu wandern, als größere Moleküle. SEC darf nicht mit der Gel-Elektrophorese verwechselt werden, die auf einem ganz anderen Trennprinzip beruht. SEC braucht keinen elektrischen Strom und durch den Siebeffekt der Matrix werden nicht die kleinen Moleküle zuerst abgetrennt. Häufige Anwendungen sind die Entsalzung, Pufferwechsel und die Abtrennung von Verunreinigungen von Proteinen und Nukleinsäuren, u.a. auch "dye terminator removal".

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